A região onde está situada a cidade de Águas Belas era habitada, originalmente, pelos índios tupiniquins, que teve sua tribo unificada com a tribo Carnijós, que residia nas imediações da Serra dos Cavalos. A aldeia era conhecida como Lagoa, devido a uma lagoa existente no local, onde hoje se encontra a matriz de Nossa Senhora da Conceição, depois a povoação ganhou o nome de Ipanema. Consta que, por volta do ano de 1700, apareceu na região o primeiro homem branco (João Rodrigues Cardoso), com objetivo de unificar as duas tribos existentes na região.
A denominação Águas Belas surgiu quando o Ouvidor Jacobina, durante uma viagem, encontrou no local água potável de excelente qualidade e teria falado: “Águas Belas, as desta povoação que a chamam de Ipanema, quando lhe deviam chamar, antes, Águas Belas”. Desmembrado do município de Buíque, em 13 de junho de 1871, tornando-se emancipada politicamente. Águas Belas foi elevada à categoria de cidade a 24 de maio de 1904 (naquela época, as vilas tornavam-se emancipadas politicamente, para depois serem elevadas a categoria de cidade).
As terras indígenas foram demarcadas em 1875, embora os conflitos pela terra não tenham sido completamente sanados, entretanto, é necessário a re-demarcação. Em 2010, a FUNAI esteve em Águas Belas para iniciar o processo de re-demarcação, entretanto, o processo ainda se encontra em fase e identificação. A cidade de Águas Belas encontra-se dentro da reserva indígena. Foram construídas dentro da reserva edificações, como a rodovia 423, que corta o lote dos índios pela metade.
Hoje cerca de 5.000 índios Fulni-ôs também habitam uma área dividida em 427 lotes individuais, que totalizam 11505 ha.[5] Vivem do artesanato e agricultura de subsistência. São ainda os únicos índios da região nordeste, com exceção as etnias do Maranhão(Kanela (Apanyekra e Ramkokamekra), Krikati, Gavião (Pukobyê), Kokuiregatejê, Timbira do Pindaré e Krejê) com o idioma próprio, o Yaathê ,nas praticas culturais encontra-se alguns rituais como o Toré e Cafurna e o Ouricuri.
